delft3d-cluster-portable-guide
HPC Tutorial
本文档介绍了如何在集群环境中部署和使用打包好的 Delft3D Portable (Delft3D_H) 版本。
该版本已集成了所有必要的依赖库(GCC Runtime, OpenMPI, NetCDF 等),无需 root 权限,不依赖系统环境变量,互不干扰,即插即用。
请确保你已经将打包文件 Delft3D_H.tar.gz 上传到了集群的个人目录下(例如 ~/myfilename/)。
登录集群终端,进入上传目录并解压文件:
解压完成后,你会看到一个名为 Delft3D_H 的文件夹,这就是我们的软件根目录。
为了不污染集群默认环境,我们采用“按需激活”的方式。在每次使用 Delft3D 之前,或者在你的作业脚本(Job Script)中,都需要执行以下命令来加载环境:
=== 激活 Delft3D 环境 (Portable) ===
安装根目录: /home/user/myfilename/Delft3D_H
已预加载: libmpi_cxx.so
环境配置完毕!现在可以直接运行 d_hydro 或 vs
在激活环境后,你可以输入以下命令验证软件是否正常:
在集群上计算时,通常不能在登录节点直接运行,而是需要编写作业脚本提交。只需要在脚本中加入 source .../activate_delft3d.sh 这一行即可。
为什么提示 libmpi_cxx.so not found?
请确保你是通过 source activate_delft3d.sh 激活的,而不是直接修改的 PATH。激活脚本会自动处理这些复杂的库依赖。
我可以在 .bashrc 里永久添加吗?
不建议。集群环境复杂,永久添加可能会影响其他软件(如 WRF, FVCOM 等)的运行。建议仅在需要计算 Delft3D 时临时激活。
图形界面 vs 能用吗?
可以。如果你使用 X11 Forwarding (如 MobaXterm) 登录集群,激活环境后输入 vs 即可启动可视化工具。
文章评论